Сравнительная редкость цветов Среди обитателей умеренного пояса сильно распространено мнение, что пышная растительность тропиков должна порождать также и великолепную флору цветов; такой взгляд подтверждается и многочисленностью крупных красивых цветов, разводимых

Глава 19 СРАВНИТЕЛЬНАЯ ПСИХОФИЗИОЛОГИЯ Сравнительная психофизиология – наука, нацеленная на установление закономерностей и выявление различий в структурной и функциональной организации мозга, поведении и психике у животных разных видов, в том числе и у человека.

Глава 3 Сравнительная геномика: эволюционирующие геномные ландшафты Пер. А. НеизвестногоВажность перехода к геномикеВ догеномную эру были установлены фундаментальные принципы молекулярной эволюции и было сделано немало конкретных наблюдений, имеющих большое значение

Сравнительная геномика и ранняя эволюция животных Если не учитывать редкую и плохо изученную мелочь вроде трихоплакса, то самыми примитивными животными можно назвать губок, у которых еще нет настоящих тканей, нервной системы и кишечника. Губки противопоставляются

Эпилог. Когда геномика переходит на личности Несмотря на все свои знания, многие подкованные в науке люди и даже многие ученые на каком-то подсознательном уровне все равно боятся своих генов. Все потому, что, как бы хорошо ты ни понимал что-то умом и как много контрпримеров

(на английском языке - genomics) - это наука, занимающаяся изучением геномов. Количество геномной информации резко возросло в последние годы в связи с улучшением технологии секвенирования ДНК. GenBank, база данных NIH (Национальные Институты Здоровья в США), на апрель 2011 года содержит 135 440 924 секвенированных ДНК.

1956 год стал основополагающим в процессе исследований генетики человека, поскольку в этом году была создана наука хромосология, и проведен съезд по генетике человека в Копенгагене.

Эволюция любой науки обусловлена уточнением моделей и теорий, но при этом новые предположения не отменяют старые истины, так что то, что было верно вчера, не обязательно ложно сегодня. Только псевдо науки являются неизменными веками и гордятся этим, как будто это является своего рода гарантией качества.

Нас осаждают со всех сторон многочисленные дисциплины, старые и новые, которые преподают медицинские практики с исключительными результатами, революционные устройства измерения отрицательных и положительных способностей.

В настоящее время не существует сектора в науке, который не исследовался где то и кем-то в мире: каждый день, научно-исследовательские центры-гиганты при университетах, частные институты и даже мелкие лаборатории, распространяют огромное количество новой информации о новейших исследованиях и дополнений к ним. Иногда эта информация довольно эксцентрична, например в таких секторах как невидимость, сексуальное поведение мух в Китае или молекулярный вес запахов, и в областях, которые оставляют место для увлекательных сценариев, например относящиеся к конструированию жизни в лаборатории или открытия новых планет, которые могли бы принять эту новую жизнь.

Пионером гонки за увеличением срока жизни человека является Крейг Вентер, генетик, предприниматель и филантроп, который стоит за проектом "Геном Человека", в марте этого года заявил, что его последний проект в области геномики, будет использовать капитал в 70 млн. долларов, чтобы создать новую компанию с названием Human Longevity Inc (HLI). Вентер не одинок в своих амбициях. Например, компания Calicо (Калифорнийская компания жизни) имеет цели, улучшения здоровья людей, решения проблемы старения и ассоциативных болезней, и Университет Калифорнии, Сан-Диего - где будут секционировать раковый геном и опухоли HLI всем пациентам, страдающим от рака и кто даст на это свое согласие.

С момента первого секвенирования в 2011 году, геномика быстро прогрессировала, и в настоящее время ученые, изучающие рак будут переходить на новый уровень "следующий рубеж в науке", говорит Липман, директор института Калифорнии. "Сейчас мы находимся в периоде, который будет приравнен исторически для геномики секционирования клеток рака, к периоду 90-х годов для развития интернета. Мы изучаем геном и технологии секционирования в надежде, что по этой шкале могут быть достигнуты быстрые результаты. На что раньше уходило 15-20 лет теперь реально можно будет достигнуть за 1-2 года. Борьба против рака быстро развивается, и это только верхушка айсберга ".

Факты из области геномики:

. В апреле 2003 года, «Проект генома человека» - был завершен после 13 лет исследований. В этот проект было инвестировано 2,7 млрд. долларов.
. В декабре 2005 года был запущен пилотный проект «Атлас генома рака», сроком на 3 года и стоимостью 100 миллионов долларов, предназначенный для изучения генетических соединений клеток рака.
. В мае 2007 года, геном Джеймса Уотсона, один из первооткрывателей ДНК, был "секвенирован" полностью, стоимость операции составила до одного миллиона долларов.
. С конца прошлого года, компания 23andMe предоставляет возможность определения последовательности генома (секвенирование) по цене всего 1000 $.
. В настоящее время, проект генома человека продолжается. После секвенирования обнаружено было около трех миллиардов пар оснований, которые составляют ДНК. Проект ENCODE (Энциклопедия элементов ДНК), родился как результат международного сотрудничества более чем 80 стран и 35 научно-исследовательских групп, он обещает первую интерпретацию информации для описания поведения генома.

Исследователи смогли понять, как и где определенные биологические функции возникают, бросая вызов различным догмам и переоценкам того, что до вчерашнего дня считалось "нежелательной" ДНК или не кодированным (неактивным) ДНК. "Новые данные показывают, что геном содержит очень мало разделов которые не используется",- утверждается в заявлении «Консорциума и Европейской лаборатории молекулярной биологии» (EMBL-EBI), который возглавлял исследование вместе с «Национальным научно-исследовательским институтом генома человека» (NHGRI), «Национальный институт здоровья» (NIH) в США. Опровержение мифа о генетической детерминированности, совершенное проектом « Геном человека», знаменует начало новой постгеномной эры.

Новая культурная ситуация

До недавнего времени "дизайн" человека, то есть создание всех его характеристик было возложено на природу, никто не мог вмешаться, чтобы улучшить человеческое существо.
Каждый новый организм рождается из маленькой ячейки. Он наследует программу предков в форме ДНК, но не наследует физические тела своих предков. Он наследует сердце родителей, но у него новое сердце. Все начинается с нуля, с одной клетки, но с каждой новой жизнью программа ДНК может получить как улучшения, так и ухудшения.
Прежде чем оценить эффект геномики следует отметить, что было бы невозможно, и даже безответственно, отказаться от генетических методов манипуляции только потому, что эти методы могут быть использованы недобросовестными и эгоистическими людьми в своих целях.

Ни один государственный орган не имеет ту волшебную палочку, которая может заставить исчезнуть все технологии геномики. Главный вопрос развития геномики состоит не в том, чтобы думать, как блокировать этот прогресс, но скорее, как получить максимальную выгоду и минимизировать риски.

Оценка возможностей геномики в целях терапевтических возможностей и в области улучшения генетического фона зависят от этических принципов, которые будут приниматься в качестве ориентира.

Для тех, кто является сторонниками репродукции человека "под наблюдением", и которые готовы принять как факт, возможности использования искусственных методов будет очень легко принять и генетические манипуляции, но для кого-то, это будет неприемлемо.

Выходя за рамки принципов, от которых отталкивается наука, человечество должно иметь в виду, что все технологии геномики применяемые на человеке, имеют на первом плане самого человека. Этот фактор поднимает много знаков вопроса, в том числе и вопрос о том какой эффект может иметь генная инженерия в балансе экосистемы и морали самого человека, который в итоге и является бенефициаром такой науки как геномика.

Прежде чем говорить непосредственно о последствиях, которые могут иметь генетические манипуляции, уточняем, что желание улучшить дизайн человеческого существа, до рождения, это в первую очередь прямое влияние на селекцию, то есть "удаление того что отличается, что не совершенно, неудачно получилось ". Это тоже самое что выбросить неудачный эмбрион в мусор во время процедуры ЭКО.

В среде такой науки как геномика, мы можем говорить о возможности основать новый вид услуг, «ген служба», которая должна будет удовлетворить человеческое желание улучшить свой генофонд. Это услуга, скорее всего, будет платной с поддержкой государства или же строго коммерческой, где каждый человек, при условии, что он платежеспособен, сможет корректировать свою генную информацию.

Но существование этого "сервиса" будет невозможным без технического прогресса и некоторого изменения менталитета человека.

Как и любое лекарство, так и новые технологии геномики могут быть использованы для "сыворотки к гену", где существуют короткосрочные или долгосрочные риски. Всегда присутствует риск, что будут устранены гены, которые имеют еще не известные положительные аспекты и которые могут проявляться в различной среде. Например, тот же ген, который вызывает серповидно-клеточную анемию, делает организм более устойчивым к малярии.

Что касается генной терапии, мы должны предполагать изменения в половых клетках, как следствие соматической генной терапии. В определенных обстоятельствах это может быть законным (следует оценивать, можно ли позволять таким людям, размножаться, после лечения или нет), поскольку модификация половых клеток для лечения может привести к изменениям генетического наследия будущих поколений. Так же развивается генная терапия зародышей и появляется необходимость проводить эксперименты на эмбрионах. Естественно, что до достижения успеха в этих исследования, будет множество неудач, что предполагает то, что объект исследования умрет. Да, во имя науки и во блага будущих поколений можно эти жертвы оправдать, но это не может быть оправдано с этической точки зрения.

Кафедра медицинской биологии и генетики

Геном. Геномика.

Казань, 2005

Рассматриваемые вопросы

1. Введение в геномику.

1.2. Разделы геномики

1.3. Этапы развития геномики.

2. Организация генома человека. Явление полиморфизма.

2.1. Уникальные гены.

2.2. Семейство генов.

2.3. Регуляторные зоны.

2.4. Повторы.

2.5. Транспозоны.

2.5.1. Биологическое значение транспозируемых элементов.

3. Явление полиморфизма.

1. Введение в геномику.

1.1. Определение генома и геномики.

Прежде всего, определим понятие «геном». Существует несколько определений генома. В энциклопедическом словаре «Генетика» Н.А.Картель и др. даётся два определения генома. Во-первых, под геномом понимают совокупность гаплоидного набора хромосом данного вида организмов. И, во-вторых, - это весь генетический материал отдельного вируса, клетки или организма не являющегося аллоплоидным. В нашем изложении мы будем исходить из того, что геном клетки это вся совокупность ДНК, находящаяся в ядре и митохондриях (пластидах) этой клетки или организма. Такое определение часто используется в работах связанных с изучением генома.

Строение и функцию генома изучает специальная наука – геномика .

Успехи в изучении генома человека стали наиболее ощутимы в связи с разработкой и последующем выполнением международного проекта «Геном человека». Этот международный проект объединил усилия сотен учёных из разных стран и осуществлялся с 1989 г по 2005 г. Главные направления проекта – картирование генов (определение локализации генов в хромосомах) и секвенирование ДНК или РНК (порядок расположения в ДНК или РНК нуклеотидов). Инициатором этого движения с самого начала стал лауреат Нобелевской премии учёный Дж. Уотсон. В России таким энтузиастом стал академик Баев А.А. На проект было затрачено свыше 6 млрд долларов. Материальные затраты России были настолько скромными, что их не учитывают при общем подсчёте издержек. Несмотря на это российские учёные проводили исследования по картированию 3,4,13 и 19 хромосоме. Проект позволил полностью расшифровать последовательность нуклеотидов в геноме человека. Фактически это был первый этап – структурный. Второй этап, который назвали функциональный, будет связан с расшифровкой функции гена. Полученные результаты в области исследования генома легли в основы выпущенного в США Ч. Кэнтором и К. Смит в 2000 году первого учебника для ВУЗов «Геномика».

1.2. Разделы геномики

Геномика подразделяется на пять самостоятельных разделов.

Структурная геномика изучает последовательность нуклеотидов в геноме, определяет границы и строение генов, межгенных участков, промоторов, энхансеров и др., т.е. фактически принимает участие в составлениигенетических карты организма. Подсчитано, что геном человека состоит из3,2 млрд нуклеотидов.

Функциональная геномика идентифицирует функцию каждого гена и участка генома, их взаимодействие в клеточной системе. Одна из важнейших задач геномики создать, так называемую«генную сеть» - взаимосвязанную работу генов. Например, генная сеть системы кроветворения включает в себя работу не менее 500 генов. Они не только взаимосвязаны между собой, но связаны и с другими генами.

Сравнительная геномика изучает сходства и различия в организации геномов разных организмов.

Эволюционная геномика объясняет пути эволюции геномов, происхождение генетического полиморфизма и биоразнообразия, роль горизонтального переноса генов. В применении к человеку, также как и к любому организму, можно сказать, что эволюция человека – это эволюция генома.

Медицинская геномика решает прикладные вопросы клинической и профилактической медицины на основе знания геномов человека и патогенных организмов.

Геномика человека является основой молекулярной медицины и её достижения используются при разработке эффективных методов диагностики, лечения и профилактики наследственных и не наследственных заболеваний. Если раньше предполагали, что наследственная патология, связана с определёнными генами или регуляторными зонами, то сейчас, всё большее внимание привлекают нуклеотидные последовательности, располагающиеся в межгенных промежутках. Они долгое время считались «молчащими». В настоящее время накапливается всё больше сведений об их влиянии на экспрессию генов.

Исследования в области генома ещё раз подтвердили необходимость индивидуального подхода к профилактике и лечению заболеваний. Значительный интерес представляют для медицины исследования связанные с составлением «генной сети» - схем взаимодействия генов между собой на уровне белковых продуктов. Эти исследования способствовали созданию в рамках геномики новой науки – протеомики , которая изучает белковый пейзаж клетки в различных режимах функционирования генов. Полученные результаты однозначно показывают целесообразность индивидуального подхода к лечению заболевания. Сейчас протеомика – самостоятельная наука, тесно связанная с геномикой.

В этой связи следует подчеркнуть, что тезис «лечить не болезнь, а больного» получил существенное подтверждение в многочисленных исследованиях генома и белков. Основываясь на них приоритетность этого положения в медицинской практике перестала вызывать сомнения.

Между двумя представителями рода человеческого сходства меньше, чем между двумя различными животными.

Мишель де Монтень

То, что ново в себе, будет понято только по аналогии со старым.

Как уже говорилось, сравнительный метод служит традиционным подходом в старых классических областях биологии (анатомия, эмбриология, цитология). Так, еще Дарвин свою точку зрения о происхождении человека обосновывал с помощью сравнительно-эволюционного метода, указывающего на многочисленное сходство в анатомии и физиологии человека и обезьян.

В последнее время сравнительный подход стал широко и весьма эффективно использоваться в молекулярной биологии и генетике. Мощный толчок этому был дан крупномасштабным секвенированием геномов. Появилось даже новое направление в геномике — сравнительная геномика — сопоставление отдельных генов, групп генов и целых локусов далеко эволюционно отстоящих организмов. Это принципиально важное направление исследований позволяет по-новому решать ряд ключевых вопросов. Рассмотрим некоторые из них.

В настоящее время человечество кроме своей собственной Энциклопедии располагает подобными Энциклопедиями некоторых простейших организмов: кишечной палочки, мухи дрозофилы, дрожжей и червя Caenoharbditis elegans , а также мыши — и отдельными главами из Энциклопедий некоторых других высокоорганизованных организмов (обезьяны, крысы). Сегодня параллельно с секвенированием генома человека идет расшифровка еще около 1000 геномов других животных и растений. ДНКовый текст во всех этих Энциклопедиях написан одними и теми же четырьмя буквами, число которых у бактерий составляет миллионы, у птиц — сотни миллионов и миллиарды у млекопитающих и человека. Поскольку все тексты написаны одинаково, их удается сравнивать между собой. При этом выяснилось, что, несмотря на огромные различия в размерах геномов, число генов (наиболее значимых предложений в текстах) у разных видов организмов не сильно отличается. В этой связи стали говорить даже о неком парадоксе, который получил специальное название G-парадокса (первая буква англ. слова gene — ген). Сейчас этот парадокс объясняют тем, что главное для организма все-таки не общее число генов, а то, как они устроены и как регулируются, какова сложность взаимодействия между продуктами разных генов. «У нас одинаковые гены с кошками и собаками, но они по-разному регулируются», — заявил по этому поводу Крег Вентер, один из главных героев секвенирования человеческого генома. Скорее всего, именно устройство и регуляция работы генов уникальны для человека, делая его «венцом природы». Короче говоря, если ген — это короткое предложение, то из сочетания одних и тех же слов и предложений можно написать как умнейший трактат, так и примитивные детские стишки. Кроме того, важно, как они будут читаться и звучать.

Какими бы уникальными мы не казались сами себе, в нашей ДНК есть довольно много сходства не только с обезьянами и мышами, но даже с маленьким червем C. elegans и мухой дрозофилой. Можно удивляться, но у нас около 50 % генов сходны с таковыми у червя. У человека и мыши еще больше одинаковых генов, хотя в эволюции человек и мышь разошлись уже около 100 миллионов лет назад. В геноме человека на сегодняшний день обнаружено лишь около 300 генов, которых нет у мыши, а общее их число примерно одинаковое. Таким образом, около 99 % генов человека соответствуют генам мыши, причем примерно 80 % из них почти полностью идентичны. Кроме того, до 90 % генов, ответственных за возникновение различных заболеваний, у человека и мыши сходны. Есть, разумеется, и небольшие различия. Так, у мыши гораздо больше генов, отвечающих за обоняние.

Что же касается наших ближайших родственников, то здесь различия еще меньше. Согласно последним данным, в целом геном человека отличается от генома шимпанзе всего лишь максимум на 5 %! Удивительно, но некоторые группы генов (например, гены, ответственные за формирование тела организма) у человека сродни аналогичным группам у биологических видов, возникших еще пятьсот — шестьсот миллионов лет тому назад, во времена так называемого Кембрийского биологического взрыва. Сейчас с нетерпением ожидается тот момент, когда будет полностью секвенирован геном шимпанзе. После этого в сравнительно геномике должен начаться новый очень важный этап. В результате такого сравнения могут быть обнаружены функционально важные мутации, специфические для человека как вида, что в свою очередь откроет новые пути для медицины. Безусловно, эти данные будут также способствовать более полному пониманию процесса эволюции человека.

Сравнения последовательностей ДНК человека с ДНК других организмов уже оказалось очень плодотворным методом поиска новых функционально важных последовательностей в геноме человека. Такой подход был использован и продолжает использоваться для выявления у человека новых белок-кодирующих и не кодирующих белок генов, а также для идентификации потенциальных регуляторных элементов и выяснения механизмов функционировании разных генных наборов. Для этой цели сейчас уже созданы специальные компьютерные программы, позволяющие «вылавливать» в разных геномах эволюционно консервативные области. Все это принципиально важно, поскольку, как уже подчеркивалось выше, мы не можем ставить генетические эксперименты на человеке, но, благодаря сравнительному методу, имеем возможность интерполировать на человека результаты, которые получаются при молекулярно-генетических исследованиях, проводимых на животных.

Так, в силу подобия геномов даже муха дрозофила может быть использована для более полного понимания функций тех или иных человеческих генов, в частности, ответственных за некоторые заболеваний человека. Примером тому может служить изучение гена dFMR-1 мухи, который имеет гомологию с соответствующим геном человека, определяющим синдром ломкости X-хромосомы — тяжелое наследственное нейродегенеративное заболевание. Это исследование позволило заключить, что причина синдрома скорее всего связана с нарушением механизма РНК-интерференции, о котором мы уже говорили выше. И это серьезная «подсказка» для ученых, решающих проблему синдрома ломкости X-хромосомы у людей.

Важно отметить, что когда мы изучаем геном человека, то фактически мы познаем весь живой мир. Геном человека устроен необычайно сложно. Геномы животных и растений чаще всего значительно проще. Поэтому, когда мы узнаем устройство сложного генома, нам будет очень легко от него перейти к изучению простого. А это сулит революцию в таких областях, как ветеринария, селекция растений и животных.

Сравнительная геномика дала ученым новый подход к пониманию вроде бы навсегда скрытого во мраке веков процесса эволюции и его механизмов. Так, например, проведенные сравнения геномов разных видов животных и человека показали наличие определенных тенденций в эволюции. Одна из них заключается в увеличении количества интронов в процессе эволюционного развития у человека, то есть эволюция как бы сопряжена с «разбиением» генома на отдельные функционально значимые фрагменты: на единицу длины ДНК приходится все меньше информации о структуре белков и РНК (экзоны) и возникает все больше участков, не имеющих пока ясного функционального значения (интроны). Проведенные исследования позволяют считают, что природа совершенствовала млекопитающих не столько посредством умножения разнообразия их генов, сколько путем постепенного копирования, модификации и комбинации уже существующих генов, а также путем изменения регуляции экспрессии генов. Специфика и разнообразие строения и функционирования генетического аппарата велики даже среди эукариот. В то же время существует множество общих принципов и механизмов, и результаты их изучения на одних объектах часто с успехом могут переноситься на другие, включая и человека.

Весьма интересные результаты были получены, в частности, при сравнении распределения по хромосомам сходных последовательностей ДНК человека и других животных. Приведем лишь один пример. Как уже указывалось, между геномами человека и мыши имеется большое сходство. На рис. 37 на цветной вклейке изображено расположение в разных хромосомах мыши сходных сегментов отдельных хромосом человека. Глядя на этот рисунок, мы можем увидеть, что участки одних и тех же хромосом человека распределены во множестве хромосом мыши. Это справедливо и наоборот. А что это значит? Это говорит нам о тех путях, по которым шла эволюция млекопитающих (ведь мышь и человек млекопитающие). Тщательно проанализировав картину, изображенную на рис. 37, ученые установили, что на границах разных участков ДНК мыши, которые обнаруживаются в составе ДНК человека, содержатся различные подвижные генетические элементы, тандемные повторы и другие «горячие точки», по которым, вероятно, и шла перестройка (рекомбинация) в ходе многовекового процесса эволюции животных организмов.

Рис. 37 . Генетическое сходство (гомология) хромосом человека и мыши. Разными цветами и номерами на хромосомах мыши отмечены нуклеотидные последовательности человеческих хромосом, содержащие сходные сегмент.

Сравнительная геномика показала, что гены, одинаковые по эволюционному происхождению и выполняемой функции (гомологичные), часто оказываются сцепленными с одними и теми же гомологичными генами у разных видов. На основании этого предсказывают вероятный район локализации генов у одних видов, если известно, с какими генами они сцеплены у других, т. е. проводят «сравнительное картирование». Все это важно в связи с тем, что правила чисел и относительное положение генов на хромосоме не всегда предопределяют законы их функционирования. Так, белковый состав многих специализированных клеток мыши, крысы и человека выглядит похожим, хотя сами гены разбросаны на хромосомах по-разному.

Итак, сравнительная геномика позволяет нам судить о механизмах и путях эволюции геномов и даже на новом уровне воссоздавать классификацию всего животного мира. Все это и есть предмет еще одного нового направления — эволюционной геномики. Ее венцом должно стать создание определенной четкой системы живых организмов, в некотором смысле подобной таблице Менделеева.

Благодаря использованию методов и подходов сравнительной и эволюционной геномики уже получены сенсационные результаты, касающиеся такого сложного и интересного вопроса, как происхождение человека и эволюция его генома. Подробнее об этом и пойдет речь в следующей части книги.

| |
Немного фактов на грани с фантастикой Часть III. Происхождение и эволюция генома человека

Разделы геномики

Определение генома и геномики.

Введение в геномику.

Прежде всего, определим понятие «геном». Существует несколько определений генома. В энциклопедическом словаре «Генетика» Н.А.Картель и др. даётся два определения генома. Во-первых, под геномом понимают совокупность гаплоидного набора хромосом данного вида организмов. И, во-вторых, - это весь генетический материал отдельного вируса, клетки или организма не являющегося аллоплоидным. В нашем изложении мы будем исходить из того, что геном клетки это вся совокупность ДНК, находящаяся в ядре и митохондриях (пластидах) этой клетки или организма. Такое определение часто используется в работах связанных с изучением генома.

Строение и функцию генома изучает специальная наука – геномика .

Успехи в изучении генома человека стали наиболее ощутимы в связи с разработкой и последующем выполнением международного проекта «Геном человека». Этот международный проект объединил усилия сотен учёных из разных стран и осуществлялся с 1989 г по 2005 г. Главные направления проекта – картирование генов (определение локализации генов в хромосомах) и секвенирование ДНК или РНК (порядок расположения в ДНК или РНК нуклеотидов). Инициатором этого движения с самого начала стал лауреат Нобелевской премии учёный Дж. Уотсон. В России таким энтузиастом стал академик Баев А.А. На проект было затрачено свыше 6 млрд долларов. Материальные затраты России были настолько скромными, что их не учитывают при общем подсчёте издержек. Несмотря на это российские учёные проводили исследования по картированию 3,4,13 и 19 хромосоме. Проект позволил полностью расшифровать последовательность нуклеотидов в геноме человека. Фактически это был первый этап – структурный. Второй этап, который назвали функциональный, будет связан с расшифровкой функции гена. Полученные результаты в области исследования генома легли в основы выпущенного в США Ч. Кэнтором и К. Смит в 2000 году первого учебника для ВУЗов «Геномика».

Геномика подразделяется на пять самостоятельных разделов.

Структурная геномика изучает последовательность нуклеотидов в геноме, определяет границы и строение генов, межгенных участков, промоторов, энхансеров и др., т.е. фактически принимает участие в составлении генетических карты организма. Подсчитано, что геном человека состоит из 3,2 млрд нуклеотидов.

Функциональная геномика идентифицирует функцию каждого гена и участка генома, их взаимодействие в клеточной системе. Одна из важнейших задач геномики создать, так называемую «генную сеть» - взаимосвязанную работу генов. Например, генная сеть системы кроветворения включает в себя работу не менее 500 генов. Они не только взаимосвязаны между собой, но связаны и с другими генами.

Сравнительная геномика изучает сходства и различия в организации геномов разных организмов.

Эволюционная геномика объясняет пути эволюции геномов, происхождение генетического полиморфизма и биоразнообразия, роль горизонтального переноса генов. В применении к человеку, также как и к любому организму, можно сказать, что эволюция человека – это эволюция генома.

Медицинская геномика решает прикладные вопросы клинической и профилактической медицины на основе знания геномов человека и патогенных организмов.

Геномика человека является основой молекулярной медицины и её достижения используются при разработке эффективных методов диагностики, лечения и профилактики наследственных и не наследственных заболеваний. Если раньше предполагали, что наследственная патология, связана с определёнными генами или регуляторными зонами, то сейчас, всё большее внимание привлекают нуклеотидные последовательности, располагающиеся в межгенных промежутках. Они долгое время считались «молчащими». В настоящее время накапливается всё больше сведений об их влиянии на экспрессию генов.

Исследования в области генома ещё раз подтвердили необходимость индивидуального подхода к профилактике и лечению заболеваний. Значительный интерес представляют для медицины исследования связанные с составлением «генной сети» - схем взаимодействия генов между собой на уровне белковых продуктов. Эти исследования способствовали созданию в рамках геномики новой науки – протеомики , которая изучает белковый пейзаж клетки в различных режимах функционирования генов. Полученные результаты однозначно показывают целесообразность индивидуального подхода к лечению заболевания. Сейчас протеомика – самостоятельная наука, тесно связанная с геномикой.

В этой связи следует подчеркнуть, что тезис «лечить не болезнь, а больного» получил существенное подтверждение в многочисленных исследованиях генома и белков. Основываясь на них приоритетность этого положения в медицинской практике перестала вызывать сомнения.

Хотя геномика как наука появилась сравнительно недавно, но в её становлении уже можно различить несколько этапов.

1 этап . 1900 – 1940 г. На этом этап изучаются менделирующие признаки человека. Метод исследование – генеалогический анализ . Систематическое изучение генома человека фактически началось с развития менделевского анализа наследственных признаков у животных в начале 20 века. В применении к человеку это был генеалогический метод исследования наследственных признаков. На этом этапе учёные в основном выявили менделирующие признаки человека и вплотную подошли к описанию групп сцепления . Обнаружено около 400 менделирующих признаков человека и 4 группы сцепления. Начиная с 50-х годов прошлого века, процесс открытия групп сцепления и менделирующих признаков замедляется. В настоящее время генеалогический метод изучения генома человека в чистом виде себя исчерпал.

2 этап. 1940 – 1980 г. Этап изучения групп сцепления . Методы изучения – генеалогический, цитогенетический и метод гибридизации соматических клеток. Существенный прогресс цитогенетики человека, особенно генетики соматических клеток в 60-х годах в комплексе с генеалогическим подходом поставил изучение генома человека на новые теоретические основы. Внедрение в практику научных исследований биохимических и иммунологических методов существенно ускорило не только открытие новых менделирующих признаков, но и облегчило процесс расшифровки в геноме человека новых групп сцепления генов. К сожалению, знание групп сцепления всё же не позволяет определить точную локализацию генов в хромосомах. А последнее, необходимо для успешного развития генетической инженерии и связанных с ней практических проблем в области медицины, сельского хозяйства и т.д. Поэтому начинают резко увеличиваться число исследований в области составления карт (картирования) генов.

3 этап. 1980 по сегодняшний день. Этап изучения локализации генов в геноме и расшифровка их нуклеотидной последовательности . Методу изучения – биохимические, иммунологические. Этот этап начал формироваться в 1980-х годах с развитием молекулярно-генетических методов и технологии генной инженерии. Процесс познания генома углубился до выделения гена в чистом виде и его секвенирования (установления нуклеотидной последовательности). В США и Великобритании были разработаны и внедрены автоматические приборы по секвенированию геномов. Их назвали геномотроны. В них осуществляется более 100 000 полимеразных реакций в час. Большую роль на этом этапе играют вычислительная техника и информационные системы. Благодаря им, решаются вопросы накопления информации из разных источников, хранения её и оперативное использование исследователями разных стран.

К 1980 г. был полностью картирован геном одной из бактерий, в 1986 году закончено картирование ДНК дрожжевой клетки, в 1998 году полностью картирован геном круглого червя и т.д. К настоящему времени полностью завершено определение последовательности оснований в ДНК более чем 50 представителей животного мира (в основном с малым размером генома – возбудители пневмонии, сифилиса, риккетсии, спирохеты, дрожжей, круглого червя и т.д.). Завершается аналогичная работа и в отношении генома человека. Описано более 19 тысяч различных заболеваний человека, из них около 3 тысяч – наследственные болезни.

Одна из интересных инициатив в области геномики заключается в создании искусственной ДНК, которая содержала бы минимальный набор генов, необходимых клетке для автономного существования. Подсчитано, что для этого потребуется около 350 - 450 генов.

В настоящее время вся нуклеотидная последовательность генома человека расшифрована, решается следующая задача – изучение однонуклеотидных вариаций ДНК в разных органах и клетках отдельных индивидуумов и выявление генетических различий между индивидуумами. Это позволит перейти к созданию генных портретов (карт) людей. Это с одной стороны поможет успешнее лечить заболевания, с другой ставит ряд серьёзных вопросов. Например, страховые компании могут использовать сведения из генетической карты подающего на страховку человека несущего рецессивный ген болезни, для взвинчивания цен при его страховании.

С другой стороны предполагается, что на следующем этапе развития геномики значительное место займут исследования связанные с расшифровкой функциональных характеристик всех кодирующих и не кодирующих областей генома в приложении к индивидууму.

Индивидуальный подход к изучению структуры и функции генома людей, скорее всего окажется ведущим в развитии этой области генетики.

Международный проект «Геном человека», в котором участвовало несколько тысяч учёных, закончил функционировать в 2000 г. Однако исследования в этом направлении не прекращаются. Это был один из самых дорогостоящих проектов в истории цивилизации, его стоимость более 500 миллионов долларов в год.

К сожалению, Россия приостановила свой вклад в международный проект « Геном человека».